選好課題后，接下來的工作就是研究課題，研究課題就是撰寫論文的核心部分，一個優秀的論文離不開一個優秀的人，你能寫出多好的論文，你就能夠擁有好的未來。研究課題一般程序是：搜集資料、研究資料。明確論點和選定材料，最后是執筆撰寫、修改定稿。
第一、研究課題的基礎工作——收集資料。
考生可以從查閱圖書館、資料室的資料，做實地調查研究，實驗與觀察等三個方面來搜集資料。搜集資料越具體、越細致越好，最好把想要搜集資料的文獻目錄、詳細計劃都列出來。首先，查問資料時要熟悉、掌握圖書分類法，要善于利用書目、索引，要熟練地使用其他工具書，如年鑒、文摘、表冊、數字等。其次，做實地調查研究，調查研究能獲得最真實可靠、最豐富的第一手料，調查研究時要做到目的明確、對象明確、內容明確。調查的方法有：普遍調查、重點調查、型調查、抽樣調查。調查的方式有：開會、訪問、問卷。最后，關于實驗與觀察，實驗與觀察是搜集科學資料數據，獲得感性知識的基本途徑，是形成、產生、發展和檢驗科學理論的實踐基礎，本方法在理工科、醫類等專業研究中較為常用，運用本方法時要做認真的全面記錄。
第二、研究課題的重點工作——研究資料。
考生要對所搜集到手的資料進行全面瀏覽，并對不同資料采用不同的閱讀方法，如通讀，選讀，研讀。通讀即對全書全文閱讀，選讀即對有用部分、有用內容閱讀，研讀即對與研究課題有關的內容進行全面、認真、細致、深入、反復的閱讀。在研讀過程中積極思考。要以書或論文中的論點、論據、論證方法與研究方法來觸發自己的思考，竭力產生創見，要眼、手、腦并用，要發揮想象力，開拓創造性思維，進行新的創造。
在研究資料時，還要做好資料的記錄。對新鮮論點，好的見解，要完完全全摘錄；對能說明問題，有說服力的論據、好材料，要不加改動地摘錄；對過長的資料，可加以簡明扼要的概括，對這些資料都要分類整理。
第三、研究課題的核心工作——明確論點和選定材料。
在研究資料基礎上，考生提出自己的觀點和見解，根據選題，確立基本論點和分論點。提出自己的觀點要突出新創見，創新是靈魂，切忌人云亦云。同時，還要防止貪大求全的傾向，生伯不完整，大段地復述已有的知識，那就體現不出自己研究的特色和成果了。
根據已確立的基本論點和分論點選定材料，這些材料是自己在對所搜集資料的加以研究的基礎上形成的。組織材料要注意掌握科學的思維方法，注意前后材料的邏輯關系和主次關系。
第四、研究課題的關鍵工作——執筆撰寫。
考生下筆時要對以下兩個方面加以注意：擬定提綱和基本格式。擬定提綱包括題目、基本論點、內容綱要。內容綱要包括大項目即大段段旨、中項目即段旨、小項目即段中材料或小段段旨。擬定提綱有助于安排好全文的邏輯結構，構建論文的基本框架。
基本格式：一般畢業論文由標題、簡要、正文、參考文獻等四方面內容構成。標題要求直接、具體、醒目、簡明扼要。摘要即摘出論文中的要點放在論文的正文之前，以方便讀者閱讀，所以，要簡潔、概括。正文是畢業論文的核心內容，包括緒論、本論、結論三大部分。緒論部分主要說明研究這一課題的理由、意義，要寫得簡潔。要明確、具體地提出所論述課題，有時要寫些歷史回顧和現狀分析，本人將有哪些補充，糾正或發展，還要簡單介紹論證方法。本論部分是論文的主體，即表達作者研究成果，主要闡述自己的觀點及其論據。這部分要以充分有力的材料闡述觀點，要準確把握文章內容大小層次、大小段落間的內在聯系。篇幅較長的論文常用推論式（即由此論點到被論點逐層展開、步步深入的寫法）和分論式（即把從屬于基本論點的幾個分論點并列起來，一個個分別加以論述）兩者結合的方法。結論部分是論文的歸結收束部分，要寫論證的結果，做到首尾一貫，同時要寫對課題研究的展望，提及進一步探討的問題或可能解決的途徑等。參考文獻即撰寫論文過程中研讀的一些文章或資料，要選擇主要的列在文后。
第五、研究課題的保障工作——修改定稿。
通過這一環節，可以看出寫作意圖是否表達清楚，基本論點和分論點是否準確、明確，材料用得是否恰當、有說服力，材料的安排與論證是否富有邏輯效果，大小段落的結構是否完整、銜接自然，措詞是否正確妥當，文面是否合乎規范。
總之，撰寫畢業論文是一種復雜的思維活動，對于缺乏寫作經驗的自考生來說，確有一定難度。因此，考生要“學習學習再學習，實踐實踐再實踐”，應虛心向富有經驗的指導老師求教，有時導師的點撥就能使考生少走許多彎路。另外，在完成畢業論文撰寫后，最后還要參加由省自考委、主考大學組織的畢業論文答辯。